応募企業からのメッセージを見たら、企業側に「既読」と伝わりますか？

はい、伝わります。

応募企業からのメッセージを自分が閲覧したとき（メッセージページを開いてメッセージを見たとき）には、応募企業側に「既読」と表示されます。